柠檬的苦味主要与品种、成熟度和食用方式有关，通常成熟度高的黄柠檬苦味较轻，而青柠檬或未完全成熟的柠檬苦味较明显。选择表皮光滑、颜色均匀的柠檬，并正确去除白色内膜和籽可减少苦味。
黄柠檬在完全成熟时酸度降低，苦味物质含量减少，口感更柔和。这类柠檬颜色鲜黄，果皮薄而富有光泽，果肉饱满多汁。日常选购时可轻捏果实，富有弹性的成熟度较高。食用时用温水浸泡或加蜂蜜调配能进一步中和酸涩感。需注意柠檬苦味成分主要存在于白色海绵层，削皮时尽量去除这部分可改善口感。
青柠檬因含有更高浓度的柠檬苦素，即使成熟后仍保留明显苦味，适合需要特殊风味的烹饪场景。未充分成熟的柠檬无论品种都会因有机酸和苦味物质未转化而口感苦涩。部分特殊品种如香水柠檬、甜柠檬天生苦味物质含量低，但国内市场较少见。储存不当导致冻伤或腐烂的柠檬也会产生异常苦味，表皮出现褐斑或发软的果实不宜食用。
柠檬富含维生素C和类黄酮，适量食用有助于抗氧化。胃肠敏感者空腹食用可能刺激黏膜，建议餐后饮用稀释的柠檬水。日常保存时可洗净擦干后冷藏，切开的柠檬需用保鲜膜包裹避免氧化。若需长期保存，可将柠檬汁冰格冷冻或制成柠檬蜜饯。挑选时避免表皮有损伤或霉变的果实，优质柠檬带有清新香气而无发酵异味。
