柠檬可以通过冷藏、冷冻、干燥、腌制、常温避光等方式保存。
完整柠檬用厨房纸包裹后放入保鲜袋，冷藏可保存2-4周。切开的柠檬需用保鲜膜紧密包裹切口，冷藏建议3天内用完。冷藏能较好保持水分和维生素C含量，但表皮可能逐渐变干变硬。
柠檬切片或榨汁后装入密封袋冷冻，可保存4-6个月。冷冻会导致细胞结构变化，解冻后更适合用于烹饪或饮品。整颗柠檬冷冻后质地会软化，建议先切片再冷冻以便取用。
柠檬切片后低温烘干或晾晒制成柠檬干，阴凉密封保存可达半年。干燥过程会损失部分维生素C，但风味物质浓缩，适合泡茶或作为调味品使用前需清洗表面。
用盐或糖腌制柠檬片，装瓶密封冷藏可存3个月以上。盐渍柠檬可用于烹饪去腥，糖渍柠檬可作甜品配料。腌制过程会产生发酵风味，开封后尽快食用。
完整无损的柠檬置于阴凉通风处，可保存1-2周。需每天检查是否有霉变，避免堆叠存放。高温环境会加速腐烂，表皮有损伤的柠檬应优先使用。
不同保存方式会影响柠檬的营养成分和食用方式，建议根据实际用途选择合适的方法。短期保存优先冷藏，长期保存推荐冷冻或干燥。无论采用哪种方法，都要注意密封防潮，避免与其他气味强烈的食物混放。食用前需观察是否有霉斑或异味，出现变质迹象应立即丢弃。柠檬表皮可能残留农药，建议保存前用软刷流水清洗，但不要浸泡以免加速腐败。
