柠檬可以常温通风保存或冷藏保鲜，具体方式取决于成熟度和使用需求。保存方法主要有整果阴凉存放、冷藏保鲜、切片冷冻、制成果酱、晾晒成干片五种。
未完全成熟的青柠檬适合常温保存。选择通风阴凉处铺开摆放，避免阳光直射和潮湿环境，可保存一周左右。表皮完好的柠檬不易腐烂，但需每日检查是否有软化或霉斑。此方法适合短期内食用的柠檬，保留原始风味和汁水。
成熟黄柠檬建议冷藏保存。用厨房纸包裹单个柠檬后装入保鲜袋，排出空气后扎紧袋口，置于冰箱蔬果格可存放两周。冷藏会减缓维生素C氧化速度，但长期冷藏可能导致表皮变硬，建议优先使用已冷藏超过五天的柠檬。
将柠檬切成薄片平铺在保鲜盒中，每层用烘焙纸隔开避免粘连，冷冻保存可达三个月。冷冻会破坏果肉细胞结构，解冻后适合泡水或烹饪使用，虽口感稍软但酸味保留完整。此方法适合制作柠檬水或调味料时取用。
将柠檬去皮去籽后切碎，按1：1比例加糖熬煮至粘稠，装瓶密封后冷藏可保存一个月。柠檬果酱能最大限度保留芳香物质，涂抹面包或调配饮品均可。制作过程中高温会破坏部分维生素C，但矿物质和有机酸含量稳定。
切3毫米薄片置于烘干机或阳光通风处脱水，完全干燥后密封避光保存可达半年。柠檬干片可用于泡茶或炖汤，虽维生素大量流失但仍有柠檬苦素等活性成分。注意晾晒过程中避免雨水和灰尘污染。
保存期间需定期检查柠檬状态，出现霉斑或异味应立即丢弃。不同保存方式会影响营养成分含量，建议根据食用计划灵活选择。整果保存优先消耗表皮有损伤的柠檬，制作饮品时连皮使用需用盐搓洗去除蜡质。特殊人群如胃酸过多者应注意控制每日柠檬摄入量，避免空腹食用冷冻或干制柠檬制品。
