土豆发芽后会产生有毒物质龙葵素，建议通过低温避光、干燥通风、隔绝氧气等方式抑制发芽。主要有低温冷藏、纸箱存放、苹果抑制、真空密封、避光保存等方法。
将土豆放入冰箱冷藏室保存，温度控制在4-6摄氏度可有效延缓发芽。低温环境能抑制土豆呼吸作用，降低代谢活性。注意冷藏前需擦干表面水分，避免用塑料袋密封导致潮湿腐烂。冷藏后的土豆口感会略微变甜，适合炖煮类烹饪。
在纸箱底部铺干燥报纸或木屑，单层摆放土豆后覆盖深色布料避光。纸箱能吸收多余水分并保持适度通风，布料可阻挡光线照射。每两周检查一次，及时剔除表皮发绿的土豆。此方法适合短期保存，需置于阴凉地下室或北向阳台。
在储存容器中放入1-2个苹果，苹果释放的乙烯气体能阻断土豆芽眼细胞分裂。乙烯作为天然植物激素，可抑制土豆内源激素的合成。注意定期更换苹果避免腐烂，此方法可使土豆保鲜期延长至2个月左右。
使用真空机抽离包装袋内空气，隔绝氧气可阻止土豆生理活动。真空环境能使土豆处于休眠状态，同时避免霉菌滋生。建议将土豆分装成小份密封，开封后需尽快食用。该方法成本较高但保鲜效果显著，适合商业批量储存。
用黑色塑料袋或不透光容器盛装土豆，置于温度稳定的储物柜中。光照会激活土豆表皮叶绿素合成，导致龙葵素含量上升。储存环境湿度需保持在60%左右，可放置食品干燥剂调节。定期翻动检查，剔除已软化或长须根的土豆。
除储存方法外，建议优先选购表皮完整、芽眼凹陷的新鲜土豆。发芽面积超过指甲盖或表皮发绿的土豆应整颗丢弃，不可削除发芽部分后食用。日常可将土豆与洋葱分开存放，洋葱释放的硫化物会加速土豆变质。短期保存可尝试盐水浸泡法，用5%淡盐水浸泡10分钟后晾干，能破坏表面休眠芽的活性。若需长期储存，可将土豆蒸至半熟后冷冻，但解冻后仅适合制作土豆泥等菜肴。
