苹果存放不腐烂的关键在于控制温度、湿度和通风条件，主要有低温冷藏、避免挤压、隔绝乙烯、保持干燥、分类存放等方法。
将苹果放入冰箱冷藏室是最有效的保存方式。温度控制在2-5摄氏度能显著延缓苹果呼吸作用，抑制微生物繁殖。冷藏时建议用保鲜袋密封，避免与其他食物串味。未完全成熟的苹果冷藏可保存2-3周，成熟苹果建议1周内食用完毕。
苹果表皮受损会加速腐烂。存放时应单层平铺于透气的筐篮中，堆叠不超过两层。运输过程中可用泡沫网套单独包裹，冷藏时可用厨房纸间隔防止碰撞。特别注意果柄朝上放置，避免果蒂划伤其他苹果。
苹果自身会释放乙烯气体加速成熟。可将苹果与香蕉、猕猴桃等乙烯敏感水果分开放置。在储存容器中放入乙烯吸收剂或活性炭，能有效延长保鲜期。使用密封罐保存时，每周需开盖通风换气。
潮湿环境易致霉菌滋生。储存前需擦干表面水渍，容器底部可铺吸潮纸或木屑。若发现个别苹果霉变应立即取出，避免污染其他果实。冬季室内存放时，需远离暖气片等热源防止结露。
不同品种耐储性差异较大。富士、国光等晚熟品种适合长期储存，嘎啦等早熟品种应优先食用。已切开的苹果需用柠檬汁浸泡后冷藏，24小时内食用完毕。酿酒用的野生苹果可冷冻保存半年以上。
日常存放苹果建议定期检查，及时去除软化或变色的果实。购买时选择果皮完整、果柄新鲜的苹果更耐储存。传统土窖储存法需保持温度恒定在5-8摄氏度，配合稻草隔温效果较好。大量储存时可使用1-甲基环丙烯保鲜剂处理，但家庭使用建议以物理保鲜方法为主。食用前用清水冲洗即可，过度清洗会破坏表面天然蜡质保护层。
