木瓜可以放冰箱冷藏，但冷藏更适合已经成熟的木瓜。未完全成熟的木瓜在低温环境下可能影响后熟过程，导致口感变差或果肉发硬。木瓜冷藏保存时需注意避免与其他气味强烈的食物接触，防止串味。
木瓜属于热带水果，对低温较为敏感。完全成熟的木瓜果皮呈现黄色或橙红色，果肉柔软香甜，此时放入冰箱冷藏可延缓腐败速度，一般能保存3天左右。冷藏前建议用保鲜膜包裹或装入保鲜盒，减少水分流失和冷害风险。若发现果皮出现凹陷或黑斑，说明已开始变质，不宜继续食用。
未成熟的青皮木瓜含有较多木瓜蛋白酶和单宁酸，直接冷藏会抑制乙烯释放，导致果实无法正常软化变甜。这类木瓜更适合在室温阴凉处存放，待表皮转黄后再冷藏。若需催熟，可将木瓜与苹果、香蕉等乙烯释放量大的水果一同放置于纸袋中，加速糖分转化。切开后的木瓜必须冷藏并尽快食用，避免细菌滋生。
木瓜富含维生素C、胡萝卜素及木瓜蛋白酶，冷藏后直接食用可能刺激胃肠，建议取出后静置片刻再吃。日常储存应根据成熟度选择方式，少量购买及时食用更能保证营养。肠胃敏感者避免空腹食用冰镇木瓜，可搭配温性食物缓解寒凉感。若冷藏后出现果肉透明化或发酵气味，应立即丢弃。
