木瓜在未完全成熟时适合常温存放，完全成熟后建议冷藏保存。木瓜的保存方式主要取决于成熟度、食用计划、储存环境、营养保留需求以及口感偏好等因素。
木瓜在未完全成熟时含有较多淀粉和鞣酸，常温下可促进淀粉转化为糖分，加速成熟过程。此时若放入冰箱，低温会抑制酶活性，导致果实变硬或出现冻伤斑块。常温保存时需避免阳光直射，可包裹报纸或放入纸箱，与苹果香蕉等释放乙烯的水果同放能加快后熟。表皮出现黄色斑点、按压轻微软塌时表明达到最佳食用状态。
完全成熟的木瓜果肉柔软、糖分含量高，常温下易受微生物侵袭或过度发酵。冷藏可延缓腐败速度，建议用保鲜膜包裹果肉或装入密封盒，温度控制在4-8摄氏度。冷藏超过3天可能发生冷害，果肉出现透明化或味道变淡。若需长期保存，可去皮切块冷冻，但解冻后更适合制作奶昔或甜品，鲜食口感会下降。
无论选择哪种保存方式，都应避免木瓜与刺激性气味食物混放。冷藏后的木瓜建议提前取出回温再食用，低温状态直接食用可能刺激胃肠。日常可观察果蒂部位是否发黑、果皮是否渗液来判断新鲜度，切开后若发现果肉变色或产生酒味应立即丢弃。根据食用人数合理购买量，完整木瓜比切开的更耐储存。
