木瓜可以通过冷藏、冷冻、干燥、腌制和制作果酱等方法长期保存。木瓜含有丰富的维生素C和胡萝卜素，但质地柔软易腐，需根据保存目的选择合适方式。
成熟木瓜可冷藏保存3-5天。将未切开的完整木瓜用厨房纸包裹后放入保鲜袋，排出袋内空气后扎紧袋口，置于冰箱冷藏室蔬果盒内。切开的木瓜需去除籽粒和内膜，用保鲜膜紧密包裹切面，避免果肉氧化变黑。冷藏温度保持在4-8摄氏度可最大限度保留木瓜蛋白酶活性。
去皮去籽后切块的木瓜适合冷冻保存3-6个月。将果肉切成2厘米见方小块，平铺在铺有油纸的托盘中进行速冻，完全冻硬后转入密封袋抽真空保存。冷冻会导致果肉细胞破裂，解冻后适合制作奶昔或烘焙使用，不建议直接鲜食。添加少量柠檬汁可防止果肉褐变。
制作木瓜干可保存6-12个月。选用七八成熟的木瓜去皮切薄片，用盐水浸泡10分钟后沥干，60摄氏度低温烘烤8-10小时至完全脱水。干燥过程中翻动2-3次确保受热均匀，成品含水量需低于15%。添加肉桂粉或姜粉可提升风味，密封避光保存防止返潮。
糖渍木瓜保质期达1年以上。按1：0.6比例将木瓜条与白砂糖分层腌制，每日翻缸使糖分渗透均匀，一周后滤出糖液煮沸浓缩，再与木瓜同煮至透明。装瓶时糖液需完全覆盖果肉，采用沸水杀菌法密封。高糖环境能抑制微生物繁殖，但糖尿病患者应慎食。
木瓜果酱在灭菌条件下可保存18个月。去籽果肉与冰糖按1：0.3比例慢火熬煮，加入柠檬汁调节酸度，煮至105摄氏度浓稠状态。热灌装后倒置排气，巴氏杀菌20分钟。果酱中的有机酸和糖分形成天然防腐体系，开封后需冷藏并在1个月内食用完毕。
长期保存木瓜需注意选择无碰伤、无腐烂的优质果实，不同成熟度的木瓜适用不同保存方法。青木瓜更适合腌制或干燥，成熟木瓜适宜冷冻或制酱。所有保存容器需严格消毒，建议小份量分装避免反复解冻。食用前检查是否有霉变或异味，保存过程中维生素C会有部分损失，但膳食纤维和矿物质保留较完整。日常可将不同保存方式的木瓜搭配食用，既延长供应期又能获得多元营养。
