新鲜的香菇可以用流动清水冲洗并配合软毛刷洗，注意避免长时间浸泡。清洗时需重点处理菌褶和菌柄根部，去除泥沙和杂质。
将香菇置于流动清水下快速冲洗表面，水流能带走大部分附着物。冲洗时用手指轻轻搓动菌盖边缘和菌柄，水流压力不宜过大以免损伤菇体。此方法适用于表面较干净的香菇，能最大限度保留营养成分。
使用专用蘑菇刷或软毛牙刷轻刷菌褶部位。香菇菌褶间隙易藏匿泥土，刷洗时沿菌褶纹路单向轻刷，避免来回刷导致菌褶破损。刷洗后立即用清水冲净，特别要注意菌柄与菌盖连接处的凹槽。
若香菇沾染较多泥土，可用淡盐水浸泡1-2分钟。每500毫升水加1克食盐，浸泡后迅速捞出并用清水冲洗。此法能帮助松动顽固污垢，但需严格控制时间，避免香菇吸水过多影响口感。
清洗前先用剪刀剪除菌柄底部硬化部分，此处常附着木屑或培养基质。对于较大香菇，可将菌柄纵向切开检查内部是否藏有杂质。处理时保留约0.5厘米菌柄以保持形态完整。
清洗后立即用干净厨房纸吸干表面水分。将香菇菌盖朝下放置在多层厨房纸上，轻轻按压菌柄帮助吸水。也可置于镂空容器中风干片刻，确保烹饪前表面无积水，避免煎炒时油花飞溅。
清洗后的香菇建议尽快烹饪，暂不食用时可冷藏保存但不超过48小时。储存时用透气容器盛放，避免密封袋内凝结水汽导致变质。对于特殊品种如野生香菇，需延长冲洗时间并仔细检查虫卵。日常选购时选择菌盖完整、无黏液渗出的新鲜香菇能减少清洗难度，有机栽培的香菇农药残留风险较低，用清水常规清洗即可满足食用安全要求。
