新鲜木耳在常温下通常只能存放1-2天，冷藏可保存3-5天，冷冻可延长至1个月左右。实际保存时间受储存温度、湿度、包装方式、木耳初始状态、是否预处理等因素影响。
新鲜木耳含有较多水分和营养物质，常温环境下容易滋生细菌导致变质。若室内温度较高或湿度较大，木耳表面可能出现黏液或异味，这种情况下即使未超过1天也不建议食用。冷藏时需将木耳装入透气保鲜袋或垫厨房纸吸收水分，避免密封导致水汽积聚加速腐烂。冷冻前可焯水处理，沥干后分装保存，解冻后口感稍软但仍适合炖煮。
若木耳采摘后未经清洗且带有木屑基质，在阴凉通风处可多存放半天至一天。部分品种如毛木耳因菌盖较厚，冷藏时可能比普通黑木耳多保存1-2天。商业冷链运输的木耳因预冷处理，冷藏保质期可能略长于家庭直接储存。任何情况下出现发黏、发酸、颜色变深或菌褶变黑均应立即丢弃。
建议根据食用计划选择储存方式，少量多次购买更利于保持新鲜。烹饪前需观察是否有霉斑或异味，凉拌食用时务必焯熟。特殊人群如免疫力低下者应避免食用临近保质期的木耳，防止微生物感染风险。长期保存可选择干制木耳，泡发后风味与营养接近鲜品。
