柠檬最受欢迎的品种主要有香水柠檬、尤力克柠檬、北京柠檬、里斯本柠檬和菲诺柠檬。
香水柠檬因果皮散发浓郁香气得名，果形修长无籽，汁水丰富酸度适中，适合制作饮品和甜点。其独特花香在东南亚料理中常作为调味品使用，近年来成为奶茶店制作柠檬茶的首选原料。
尤力克柠檬是全球种植最广的商用品种，果皮厚实耐储运，酸度较高且出汁率达40%。该品种适应性强，全年可结果，广泛用于食品加工和柠檬精油提取，超市常见的鲜果多属此品种。
北京柠檬是我国自主培育的耐寒品种，果肉呈淡黄色，酸味柔和带微甜。特别适合鲜食或泡水，在北方地区冬季仍能保持较好风味，家庭盆栽种植的成功率较高。
里斯本柠檬果实呈椭圆形，表皮光滑油胞密集，维生素C含量突出。耐旱性强且抗病性好，在干燥地区表现优异，榨汁后不易产生苦味，常被选作鸡尾酒调制的基料。
菲诺柠檬产自西班牙，个头较小但果香浓郁持久，果皮富含芳香油。主要用于高级西餐料理提味，也是制作柠檬利口酒的重要原料，在精品超市较常见。
选择柠檬时可根据用途决定品种，鲜食推荐北京柠檬，调饮优选香水柠檬，烹饪适用尤力克柠檬。不同品种的柠檬在储存时都应避免阳光直射，未切开的完整果实置于阴凉通风处可保存较长时间。切开后需用保鲜膜包裹切口冷藏，建议两天内食用完毕以保留最佳风味和营养。日常可将柠檬切片冷冻保存，使用时直接取用不影响风味。柠檬汁接触金属容器易产生氧化反应，建议使用玻璃或陶瓷器皿盛装。
