保存苹果的最佳方法主要有低温冷藏、避光干燥、单独存放、控制湿度、避免挤压等。
将苹果放入冰箱冷藏室可延长保鲜期。冷藏温度建议保持在零度到四度之间，此温度能有效抑制苹果呼吸作用和乙烯释放。冷藏前无须清洗苹果，表面天然果蜡能减少水分流失。若需清洗，务必擦干后再冷藏。
储存环境需避免阳光直射和高温环境。阳光会加速苹果表皮氧化变色，高温环境易导致果肉软化变质。可选择阴凉通风的储物柜或地下室存放，同时注意远离暖气片等热源。潮湿环境易滋生霉菌，存放区域相对湿度控制在百分之九十左右为宜。
苹果应与其他果蔬分开储存。苹果成熟时会释放大量乙烯气体，可能催熟周边香蕉、猕猴桃等对乙烯敏感的水果。可用保鲜袋独立包装每个苹果，或使用带有透气孔的专用水果收纳盒。如需与其他水果共存，可放入乙烯吸收剂。
适当湿度能防止苹果失水皱缩。可在储存容器底部铺层吸水纸或干净毛巾吸收冷凝水，避免苹果底部长期接触水汽而腐烂。定期检查容器内湿度情况，发现水珠及时擦拭。商业储存常采用湿度控制设备，家庭可用半密封容器配合干燥剂调节。
苹果堆叠存放时需防止相互挤压损伤。建议单层平铺摆放，层间用瓦楞纸隔开。碰伤的苹果会加速腐烂并影响周边果实，发现表皮破损应优先食用。运输过程中可使用泡沫网套保护，居家储存可用鸡蛋托等分隔容器。
除上述方法外，不同品种苹果的储存周期存在差异。早熟品种如嘎啦果保存期较短，晚熟富士苹果耐储性较好。购买时选择果柄完整、无机械伤的果实能延长保存时间。定期检查储存的苹果，及时移除开始腐烂的个体。短期保存可置于阴凉处，长期储存建议采用冷藏方式。食用前从冷藏室取出放置室温一小时，口感更佳。苹果储存过程中维生素C含量会缓慢下降，建议尽早食用以获得更佳营养价值。
