苹果的最佳保存方法是冷藏保存，同时避免与其他水果混放。保存苹果的关键因素有温度控制、湿度调节、避免挤压、隔离乙烯气体、定期检查。
苹果适宜在0-4摄氏度的环境中保存，家用冰箱冷藏室可满足需求。低温能有效延缓苹果呼吸作用，减少水分流失和糖分转化。温度过高会导致苹果过快成熟软化，温度低于零度则可能造成冻伤。冷藏前无须清洗苹果，表面天然果蜡有助于锁住水分。
保持85%-90%的相对湿度能防止苹果皱缩。可用保鲜袋包裹苹果并扎少量透气孔，或在冰箱蔬果盒内放置湿润的厨房纸。湿度过低会使苹果失水变蔫，过高则可能滋生霉菌。单个苹果可用食品级蜂蜡纸包裹，既能保湿又可减少磕碰损伤。
苹果应分层平放于透气的塑料筐或纸盒中，每层之间用瓦楞纸隔开。堆叠高度不超过三层，防止底部果实受压产生淤伤。碰伤的苹果会释放加速成熟的乙烯，需立即取出单独处理。运输途中可用泡沫网套保护，居家存放时避免频繁翻动。
苹果自身释放的乙烯会加速成熟腐败，不可与香蕉、梨等乙烯敏感水果混放。可将苹果用铝箔纸单独包裹，或放入活性炭除乙烯保鲜盒。商业储存常用1-甲基环丙烯处理抑制乙烯作用，家庭可用高锰酸钾乙烯吸收剂延长保存期。
每周检查一次冷藏苹果，及时移除出现褐斑或软腐的个体。轻微碰伤的苹果可优先食用，腐烂果实需密封丢弃防止霉菌传播。保存超过三周的苹果口感会逐渐变差，建议标注存放日期分批食用。冬季室温低于10摄氏度时，阴凉通风处亦可短期存放。
保存苹果时选择果皮完整、果柄新鲜的个体更能延长保鲜期。不同品种保存时长差异较大，富士等晚熟品种比嘎啦等早熟品种更耐储存。切开后的苹果需用柠檬汁浸泡后密封冷藏，最好在24小时内食用完毕。日常可制作苹果干、苹果酱等加工品保存，但营养成分会有部分流失。合理保存的苹果能维持2-3个月的良好食用品质，定期观察状态变化是关键。
