黄花梨的心材通常呈现红褐色至紫褐色，带有深色条纹，边材则为浅黄色或灰白色。黄花梨的色泽会因生长环境、树龄和氧化程度产生差异，主要特征包括纹理清晰、油性足、光泽温润。
黄花梨新切面多呈橙红或金黄底色，随时间氧化逐渐转为深沉的紫褐色。其典型特征是黑色或深褐色条纹与浅色底色形成对比，纹理如行云流水。海南黄花梨颜色相对较浅，越南黄花梨色泽偏深红。木材表面打磨后呈现琥珀般通透感，在光照下可见荧光效果。
部分特殊环境生长的黄花梨可能出现偏绿色或紫色调，这类情况较为罕见。受真菌影响的黄花梨可能产生紫色或黑色斑块，属于自然形成的特殊纹理。存放百年以上的老料颜色会变得更为暗沉，但油性和纹理依然保留。
黄花梨的颜色是鉴别其品质的重要指标之一，建议在自然光下观察其纹理和色泽变化。日常保养可使用软布擦拭，避免暴晒或接触化学试剂，长期把玩能使木材表面形成包浆，颜色更显古朴雅致。
