干木耳泡发后建议沥干水分放入密封容器冷藏保存，可存放2-3天。
干木耳泡发后需尽快沥干表面水分，避免残留水分导致细菌滋生。用厨房纸吸干多余水分后装入保鲜盒或密封袋，排出空气后冷藏。冷藏温度控制在0-4摄氏度能有效延缓变质，若发现黏液增多或气味异常应立即丢弃。短期保存可维持木耳弹性和营养，但不宜反复解冻。
泡发量较大时可分装冷冻保存，但解冻后口感会稍软。冷冻前需彻底沥干并分成单次用量，用保鲜膜包裹后放入冷冻专用袋。解冻时建议移至冷藏室缓慢化冻，避免高温水解导致营养流失。冷冻保存期限可达1-2个月，但维生素B族等水溶性营养素会有部分损失。
日常建议根据食用量分批泡发木耳，泡发后搭配胡萝卜、黄瓜等新鲜蔬菜凉拌食用能更好保留营养。避免与海鲜等高蛋白食物同储，防止交叉污染。若需长期保存建议选择干燥阴凉处存放干品，使用时再泡发能最大限度保持木耳的膳食纤维和多糖类活性物质。
