枇杷煲水时通常需要去皮和去籽。枇杷皮可能残留农药或影响口感，籽含有微量氰苷类物质，长时间高温烹煮可能释放有害成分。但若追求特定药用功效且处理得当，可保留部分果皮。
枇杷皮表面可能存在灰尘、农药残留或蜡质层，直接煲水可能影响汤汁纯净度。去皮能避免苦涩感，使汤水更清甜。果肉中的膳食纤维和维生素在去皮后仍可充分溶解，核心营养素不会流失。传统食疗方如川贝枇杷露制作时也强调去除外皮。建议用流动水搓洗枇杷后，用刀轻刮去除表皮，注意保留果肉完整。
枇杷籽含有苦杏仁苷等成分，在胃酸作用下可能转化为氢氰酸。虽然煲水过程的剂量通常不足以致毒，但长期饮用含籽汤汁可能增加胃肠负担。儿童或消化功能较弱者更应彻底去籽。若为增强镇咳效果需保留籽，建议碾碎后缩短熬煮时间至20分钟内，并过滤渣滓后饮用。民间有将枇杷籽焙干研末外用的偏方，但内服仍需谨慎。
枇杷煲水适合秋冬季润燥，可搭配百合、银耳增强滋阴效果。体质虚寒者宜加两片生姜平衡寒性，糖尿病患者需控制饮用频率。新鲜枇杷应选表皮金黄无斑点的果实，煲煮前用盐水浸泡10分钟有助于清洁。存放超过三天的枇杷因褐变会导致汤汁浑浊，建议现制现饮。若出现腹泻等不适症状应立即停用，胃肠敏感人群可改用枇杷叶煮水替代。
