鸡蛋壳表面可能携带沙门氏菌、大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、李斯特菌、曲霉菌等致病微生物。这些细菌可能通过蛋壳气孔侵入内部或污染接触环境，建议食用前彻底清洗并高温烹煮。
沙门氏菌是鸡蛋壳最常见的污染菌，禽类肠道中常携带该菌。感染后可能出现发热、腹泻等胃肠炎症状，严重时可引发败血症。处理鸡蛋后需用肥皂洗手，避免交叉污染食物。鸡蛋应烹饪至蛋黄完全凝固，不建议食用溏心蛋。
部分致病性大肠杆菌可通过禽类粪便污染蛋壳，产生耐热毒素。感染后易出现水样腹泻或血便，婴幼儿及免疫力低下者风险较高。储存鸡蛋时应与其他食材隔离，烹饪温度需超过70度维持一定时间。
该菌常存在于禽类养殖环境，能在蛋壳表面形成生物膜。其产生的肠毒素耐高温，可能引起剧烈呕吐。破损蛋壳更易滋生该菌，选购时应避免外壳有裂纹的鸡蛋。
低温环境下仍可繁殖的食源性致病菌，孕妇感染可能导致流产。该菌能穿透完整蛋壳污染蛋液，建议孕妇避免食用生蛋制品。冰箱储存鸡蛋需密封并放置于独立区域。
潮湿环境中易在蛋壳表面繁殖的真菌，可能产生黄曲霉毒素等致癌物。霉变鸡蛋外壳可见黑色或绿色斑点，这类鸡蛋应直接丢弃不可食用。储存环境需保持干燥通风。
日常处理鸡蛋时建议佩戴一次性手套，使用后及时消毒台面和厨具。储存鸡蛋时保持尖端朝下可减少气孔暴露风险，购买后应冷藏并在保质期内食用。老年人、儿童及免疫力低下人群应避免接触生鸡蛋液，制作含生蛋的沙拉酱、冰淇淋等食品时建议选用巴氏杀菌蛋制品。若出现持续腹泻、发热等疑似细菌感染症状，应及时就医进行病原学检测。
