豆芽建议冷藏保存，常温存放容易腐败变质。豆芽含水量高且组织娇嫩，常温下微生物繁殖速度快，冷藏能有效抑制细菌生长，延长保鲜期至3-5天。
豆芽在常温环境中容易因高温高湿加速腐烂。夏季室温超过25度时，豆芽可能在12小时内出现发黏、变味等现象。未清洗的豆芽表面残留的微生物会快速分解营养物质，产生异味和黏液。若发现豆芽根部发红或茎部透明化，表明已开始腐败，应立即丢弃。短期存放可置于阴凉通风处，但不宜超过6小时。
冷藏保存能显著延缓豆芽品质劣变。将豆芽装入保鲜袋并排出空气，置于冰箱冷藏室4度环境中，可保持脆嫩口感。注意避免与肉类、海鲜等易腐食品混放，防止交叉污染。冷藏后的豆芽需彻底清洗后再食用，低温可能导致表面细菌休眠而非死亡。若需长期保存，可焯水后冷冻，但口感会变软。
日常保存豆芽时建议优先选择冷藏，购买后尽快处理。清洗时用流水反复冲洗3-4次，去除豆壳和杂质。凉拌豆芽建议现做现吃，烹饪前再切段以保留营养。脾胃虚寒者应避免生食冷藏豆芽，可快速焯水后用于热炒或煮汤，既能杀菌又能减少寒凉刺激。定期检查冰箱温度，确保冷藏环境稳定在4度以下。
