绿豆芽建议冷藏保存，常温存放容易变质腐烂。绿豆芽水分含量高且组织娇嫩，常温下微生物繁殖速度快，冷藏可有效延长保鲜期。
绿豆芽在常温环境中容易失水萎蔫，温度超过20度时，芽体呼吸作用加剧，营养物质快速消耗，同时会滋生大量细菌。未清洗的豆芽表面可能附着土壤中的致病菌，常温下这些病菌繁殖速度加快，食用后可能引发胃肠不适。冷藏保存能抑制微生物活性，将豆芽装入保鲜袋并保留适量空气，可维持3天左右的新鲜度。
若短时间内食用，可将绿豆芽浸泡在清水中置于阴凉处，水温需保持凉爽并每2小时更换一次。这种方法仅适合保存4-6小时，且需彻底冲洗后再食用。需注意观察芽体是否出现黏滑感或异味，出现此类现象说明已变质，必须丢弃处理。
保存绿豆芽时需保持环境干燥，避免与其他气味强烈的食物接触。冷藏前无须清洗，残留水分会加速腐败。烹饪前用流水反复冲洗缝隙中的豆壳，沸水快速焯烫能进一步杀菌。消化功能较弱者建议彻底加热后食用，脾胃虚寒人群应控制摄入量。
