枇杷煮水通常建议剥皮，枇杷皮可能残留农药或影响口感，但保留果皮可增加部分营养成分的析出。
枇杷果皮表面可能附着灰尘、农药残留或果蜡，直接煮水可能影响饮用安全性。剥皮后煮水能减少苦涩感，使汤汁更清甜，尤其适合儿童或胃肠敏感人群。枇杷皮虽含有少量膳食纤维和抗氧化物质，但高温煮沸后营养析出有限，去皮对整体营养价值影响较小。若选择带皮煮制，建议用盐水浸泡搓洗，并用流水冲洗干净。
部分传统食疗方会保留枇杷皮以增强润肺效果，此时需选用有机种植的成熟枇杷。果皮中的槲皮素等成分在长时间炖煮后可能溶出，但体质虚寒者饮用带皮煮水可能引发轻微腹泻。新鲜枇杷皮与果肉间的白色内膜含有微量氰苷类物质，久煮可能释放极少量氢氰酸，虽不足以致毒，但去皮可完全避免该风险。
煮枇杷水时可搭配冰糖或蜂蜜增强润燥功效，糖尿病患者应控制添加量。建议选用新鲜饱满的枇杷，煮制时间控制在20分钟内，久煮会破坏维生素C。饮用后若出现咽喉发痒等不适，应立即停止并就医。日常保存枇杷需冷藏避免发酵，煮水后的果肉可捣碎过滤制成枇杷膏延长食用周期。
