苦瓜最苦的部分通常是内壁的白色海绵状组织。苦瓜的苦味主要来源于葫芦素类化合物，这类物质在果实发育过程中会逐渐积累，其中内壁海绵组织因含有更高浓度的苦味成分而成为苦味最集中的区域。
苦瓜的苦味分布呈现从外到内递增的趋势。外果皮虽然也有苦味，但相对较淡，适合快速焯水后凉拌或清炒。内壁海绵组织与种子相连，质地疏松且表面积大，在烹饪时容易吸附汤汁，使得苦味物质更易释放。传统处理方式会刮除这部分组织以降低苦味，但保留它有助于保留苦瓜降血糖、抗氧化等保健功效。
少数苦瓜品种或特殊栽培条件下，苦味分布可能出现差异。例如经过人工选育的微苦型品种，其内壁苦味会明显减弱。未完全成熟的嫩苦瓜瓤苦味较轻，而长老后种子周围的红色假种皮反而会呈现甘甜口感。这类特殊情况需要结合具体品种和成熟度判断。
吃苦瓜时可根据个人耐受度调整食用部位，肠胃敏感者建议去除内壁白瓤。苦瓜中的活性成分有助于调节血糖血脂，但脾胃虚寒者不宜过量食用。烹饪前用盐水浸泡或搭配鸡蛋、豆豉等食材可中和部分苦味，保留营养的同时提升适口性。
