苦瓜最苦的部位是瓜瓤和种子。苦瓜的苦味主要来源于葫芦素类化合物，这些物质在瓜瓤和种子中含量最高，其次是靠近瓜瓤的果肉部分，外皮相对苦味较轻。
苦瓜的瓜瓤呈海绵状，包裹着种子，含有高浓度的苦味物质。这部分在烹饪前通常会被挖除，但保留少量瓜瓤可增强苦味。种子虽然细小，但表皮和胚乳中苦味成分集中，咀嚼时会释放强烈苦味。靠近瓜瓤的果肉因与苦味物质接触密切，苦度明显高于外层果肉。
外皮虽然也有苦味，但质地较硬且苦味物质分布较少。部分品种通过育种已降低外皮苦度，适合凉拌或清炒。白色苦瓜品种的瓜瓤苦味通常弱于绿色品种，但种子仍保持较高苦度。
苦瓜的苦味成分具有促进食欲、辅助调节血糖等作用。处理时可先用盐腌制或焯水减少苦味，保留瓜瓤能增强食疗效果。胃肠敏感者建议去除全部瓜瓤和种子，采用切片浸泡方式降低苦度。苦瓜适宜与鸡蛋、肉类搭配，能平衡口感并提高营养吸收率。
