苦瓜最苦的位置通常是靠近果瓤和种子的白色海绵状组织。苦瓜的苦味主要来源于葫芦素类化合物，这类物质在果实内部靠近种子的部位浓度最高，其次是果肉外层和表皮。不同品种的苦瓜苦味程度差异较大，但苦味分布规律基本一致。
苦瓜的苦味物质主要集中在果实内部靠近种子的海绵状组织，这个部位在烹饪前通常需要刮除或浸泡以减轻苦味。白色海绵组织中的葫芦素C含量最高，这是导致苦味的主要成分。随着苦瓜成熟度增加，这些苦味物质会逐渐向果肉扩散，使整体苦味加重。新鲜采摘的嫩苦瓜苦味相对较轻，苦味分布也更为集中。
少数情况下，苦瓜表皮和果肉也会带有明显苦味，这与种植环境密切相关。高温干旱条件下生长的苦瓜，表皮会积累更多苦味素作为防御机制。部分特殊品种如珍珠苦瓜，其苦味物质分布较为均匀，无明显苦味集中区域。这类品种更适合直接食用或凉拌。
苦瓜作为药食同源的蔬菜，适量食用有助于清热解暑。处理时可先将苦瓜纵向切开，用勺子彻底刮除白色海绵组织和种子，再用盐水浸泡或焯水进一步降低苦味。凉拌时搭配蒜末、醋等重口味调料能有效中和苦味。胃肠功能较弱的人群建议控制食用量，避免空腹食用。苦瓜中的活性成分可能影响血糖水平，糖尿病患者食用需注意监测血糖变化。
