柠檬切开后通常在室温下2小时内开始变质，冷藏可保存3-5天，变质速度受温度、湿度、保存方式影响。
柠檬切开后果肉接触空气发生酶促褐变，维生素C快速流失。用保鲜膜紧密包裹切口或浸泡在凉开水中可延缓该过程，冷藏保存时建议搭配密封容器。
刀具污染或环境细菌会导致切面霉变。使用前用沸水烫洗刀具，保存时喷洒少量白醋杀菌。若发现白色菌斑或黏液需立即丢弃。
切面水分蒸发会导致果肉干瘪变硬。保留柠檬两端蒂部可减少水分流失，短期保存可覆盖湿厨房纸维持湿度。
冷藏超过3天的柠檬片会产生苦味物质。建议将新鲜柠檬汁挤入冰格冷冻，或制作成柠檬蜜糖腌渍保存。
30℃以上环境2小时即可能变质。夏季建议将切半柠檬倒扣在浸水瓷盘中，利用蒸发降温原理延长保鲜期。
日常食用建议优先选择完整柠檬，切开后尽快使用。保存时可制作柠檬冰块用于饮品调味，或混合蜂蜜制成保健茶饮。柠檬皮富含类黄酮，干燥后可作为天然除味剂放入冰箱。注意变质柠檬可能产生展青霉素等有害物质，不可切除霉变部分继续食用。合理保存能最大限度保留柠檬的抗菌消炎、促进铁吸收等营养价值。
