木耳发多了可以冷藏或冷冻保存，短期存放建议冷藏，长期保存适合冷冻。发好的木耳保存方法主要有沥干水分密封冷藏、分装冷冻、晾干脱水、真空包装、腌制处理等。
将泡发好的木耳彻底沥干水分，放入保鲜盒或用保鲜膜包裹严实，置于冰箱冷藏室4℃左右保存。冷藏环境能延缓微生物繁殖，保存时间可达3天左右。注意冷藏前确保木耳表面无多余水分，避免潮湿环境加速腐败。
将木耳按单次食用量分装入食品密封袋，挤出空气后放入冰箱冷冻室。冷冻状态下木耳可保存1个月以上，解冻后口感稍软但仍可食用。冷冻保存能完全抑制细菌活动，适合大量囤积时使用，但不宜反复冻融。
把泡发的木耳平铺在晾晒网上，置于通风阴凉处自然风干，或使用食物烘干机脱水。干燥后的木耳含水量低于10%时可装入密封罐常温保存，复泡后口感接近新鲜泡发的木耳。此方法能保存半年以上，但需注意防潮防虫。
使用家用真空机抽除包装袋内空气后密封，隔绝氧气可大幅延长保存期。真空包装的木耳冷藏可存7天，冷冻可达3个月。该方法能最大限度保持木耳的弹性和营养，适合商业级保存需求。
将木耳焯水后与盐、糖、醋等调味料拌匀腌制，装入消毒玻璃罐冷藏。腌制后的即食木耳可保存2周，但会改变原有风味。此方法适合制作凉拌菜半成品，需注意腌制容器需高温杀菌避免污染。
保存木耳需特别注意容器清洁和密封性，所有接触器具应高温消毒。冷藏保存的木耳再次食用前需观察是否有黏液、异味等变质迹象。建议根据食用计划选择保存方式，冷冻保存的木耳适合炖煮类菜肴，凉拌菜建议使用新鲜泡发的木耳。日常可少量多次泡发，避免因保存不当造成营养流失或食品安全隐患。
