小米蕉可以通过控制温度、减少挤压、保持干燥、单独存放、避免阳光直射等方式延长保存时间。
小米蕉适宜在12-15摄氏度的环境中保存，温度过高会加速成熟和腐烂，温度过低则可能导致冻伤。可将未完全成熟的小米蕉用保鲜膜包裹茎部，放入阴凉通风处。若需延缓成熟，可放入冰箱冷藏室蔬果保鲜层，但表皮可能变黑不影响食用。
小米蕉表皮脆弱易受损，受压部位会快速变黑斑腐烂。存放时应平铺于透气容器中，避免堆叠超过两层。运输途中可用软质材料间隔保护，悬挂保存能有效减少受压面积。
表面水分会加速霉菌滋生，清洗后需彻底擦干。潮湿环境可用厨房纸包裹吸收水汽，定期更换。若发现凝结水珠要及时擦除，梅雨季节可放置食品干燥剂辅助防潮。
小米蕉会释放乙烯加速自身和周边水果成熟，应与苹果、梨等乙烯高产水果分开放置。可用锡纸包裹茎部减少乙烯扩散，或置于密封盒隔离。已切开的香蕉需用保鲜膜密封切口。
紫外线会破坏果皮细胞结构导致快速褐变，应存放于避光橱柜或遮光袋中。如需催熟可短暂接受散射光，但超过2小时需转移。夏季高温时段建议放入冷藏环境避光保存。
日常保存时可观察果柄颜色变化，当出现透明胶状渗出物时代表即将过熟需尽快食用。成熟度不同的小米蕉可制作奶昔、果干或冷冻保存，去皮后滴柠檬汁可防止氧化变色。定期检查剔除腐烂果实，避免污染整串。若需长期保存，可切片烘干或真空密封冷冻，解冻后适合烘焙使用。保存过程中保持环境清洁，接触前洗手避免引入细菌。
