未剥的菠萝蜜在常温下一般能存放3-5天，冷藏可保存7-10天，实际时间受到成熟度、储存环境、表皮完整度、温度波动、湿度等因素影响。
成熟度高的菠萝蜜因糖分和水分含量较高，更容易滋生微生物导致腐败。购买时可轻压表皮判断软硬程度，偏软的果实需优先食用。若表皮青绿坚硬，可在阴凉通风处放置1-2天促熟，但需每日检查避免过熟。
菠萝蜜对乙烯敏感，应远离苹果、香蕉等释放乙烯的水果。理想的储存环境需避光、干燥且通风，温度保持在12-15摄氏度最佳。高温环境会加速果肉发酵，产生酒味或酸败现象。
表皮出现划痕或破损时，细菌和霉菌易从伤口侵入。运输过程中应避免磕碰，储存前可用干布擦拭表面污渍。若发现局部霉斑，需立即切除霉变部位并尽快食用剩余部分。
频繁切换常温与冷藏环境会导致冷凝水积聚，加速腐烂。如需冷藏保存，建议用厨房纸包裹后装入保鲜袋，避免直接接触冰箱内壁。从冷藏取出后应在2小时内食用完毕。
湿度过高易引发霉变，湿度过低则会导致表皮皱缩。南方潮湿地区可放置食品干燥剂，北方干燥环境可用微湿毛巾覆盖保持湿度。切开后接触空气的果肉会快速氧化，需用保鲜膜紧密包裹冷藏。
完整的菠萝蜜储存期间建议每日检查表皮是否出现凹陷、渗液或异味，这些是腐败的早期信号。若计划长期保存，可将果肉剥离后分装冷冻，但解冻后口感会变软。食用前注意观察果肉颜色是否均匀，避免食用发黑或黏滑的变质果肉。对于已经切开的菠萝蜜，建议在冷藏条件下48小时内食用完毕，且需注意刀具和容器的清洁消毒，防止交叉污染。
