黑木耳可以放入冰箱保存，建议将干木耳密封后冷藏，泡发后的木耳需沥干水分冷藏并尽快食用。
干木耳在未泡发前耐储存性强，装入密封袋或保鲜盒后放入冰箱冷藏室，可避免受潮和虫蛀，保存时间可达数月。注意检查包装是否完全密封，防止冰箱内其他食物气味渗透影响木耳品质。若发现干木耳出现霉斑或异味应立即丢弃。
泡发后的木耳含有大量水分，需用漏网彻底沥干后放入保鲜盒冷藏，建议在24小时内食用完毕。冷藏过程中每日检查是否出现黏液或酸味，这类变质迹象表明木耳已滋生细菌。泡发木耳不宜冷冻保存，解冻后口感会变得绵软失去脆嫩特性。
无论是干品还是泡发品，保存前都需剔除杂质和变质部分。冷藏保存的木耳再次食用前，干品需重新泡发洗净，湿品需用沸水焯烫杀菌。建议根据食用量分批泡发，避免反复冷藏解冻。优质黑木耳应呈现乌黑光泽、朵形完整，若保存过程中颜色发红或发绿则可能已变质。
