香菇建议冷藏保存，短期存放可置于阴凉通风处。保存方式主要受新鲜度、环境湿度、储存时长、包装方式和温度波动等因素影响。
新鲜香菇在4℃左右冷藏可延缓腐败，未清洗的香菇装入透气保鲜袋冷藏可存放3-5天。冷藏能抑制微生物繁殖，保留更多鲜味物质如鸟苷酸。若需长期保存，可焯水后冷冻，但口感会略微变韧。
干燥香菇或未开伞的厚菇在阴凉通风处可放置1-2天，适合立即食用的情况。高温高湿环境会加速霉变，表面出现黏液或黑斑即不可食用。切片的香菇必须冷藏，常温下2小时内易滋生细菌。
无论采用何种保存方式，都应避免密封塑料袋导致的水汽积聚。定期检查香菇状态，出现酸味、发黏或变色需立即丢弃。烹饪前用流水快速冲洗，不要长时间浸泡，以免水溶性营养素流失。搭配维生素C含量高的食材如青椒烹调，有助于提高铁的吸收率。
