小米椒可以放冰箱冷藏保存，但不适合冷冻。短期存放可选择阴凉通风处，长期保存需冷藏并注意防潮。
新鲜小米椒在室温下容易失水变软，冷藏可延长保鲜期。将未清洗的小米椒装入透气保鲜袋或垫厨房纸的密封盒中，放入冰箱冷藏室蔬果格，温度控制在5-8度为宜。冷藏后的小米椒能保持1-2周不腐坏，但表皮可能出现轻微皱缩，辣味会随时间缓慢挥发。需避免与高水分蔬菜混放，防止冷凝水加速霉变。
冷冻会导致小米椒细胞破裂，解冻后口感绵软且风味流失。若需长期保存，可洗净晾干后切段冷冻，但仅适合用于烹饪调味。特殊情况下如发现霉斑或酸腐味，整批需丢弃。部分品种皮薄的小米椒冷藏后可能出现褐斑，属正常氧化现象。
日常保存小米椒建议根据使用频率分批处理，避免反复从冰箱取用。未冷藏的小米椒应置于竹篮或网兜中，远离灶台等高温处。烹饪前用冷水浸泡10分钟可恢复部分脆度，冷藏后的小米椒更适合制作泡椒或辣椒酱。若一次性购买量较大，可考虑晒干、油浸等传统保存方式，保留更多风味物质。
