小米椒可以放冰箱保存，但更适合短期冷藏。长期储存建议采用干燥通风、冷冻处理、真空密封、盐渍腌制等方法。
新鲜小米椒在冰箱冷藏室可存放一周左右，低温能延缓腐败但可能导致表皮皱缩。冷藏前无须清洗，用厨房纸包裹后装入保鲜袋并扎孔透气，避免冷凝水加速霉变。若表面有破损或霉斑需立即丢弃，霉变辣椒产生的黄曲霉毒素耐高温且危害健康。短期冷藏适用于即买即用的青红小米椒，尤其湿度较高的南方地区可减少常温存放的腐烂风险。
冷冻保存能使小米椒储存数月，但解冻后质地变软仅适合烹饪使用。洗净擦干后直接整颗放入密封袋冷冻，或切碎分装成冰块模具随取随用。冷冻会破坏细胞结构导致汁液流失，但辣味物质辣椒素稳定性高，风味损失较小。该方法适合一次性购买大量小米椒或需要长期备用的家庭，使用时无须解冻直接入锅更便于保持形状。
除冷藏冷冻外，传统晾晒法适合干燥地区，将完整小米椒串挂于阴凉通风处2-3周制成干辣椒。盐渍保存按辣椒与盐10：1比例层层码放，冷藏可存3个月以上。无论采用何种方式，储存前需剔除腐烂个体，容器要清洁干燥。日常使用建议根据烹饪需求选择保存方式，少量多次购买更新鲜。特殊体质人群接触辣椒时建议佩戴手套，避免辣素刺激皮肤或黏膜。
