新鲜的辣椒可以通过冷藏、冷冻、干燥、腌制和真空密封等方式延长保存时间。
将未清洗的完整辣椒用厨房纸包裹后放入保鲜袋，排出空气后置于冰箱冷藏室蔬果格。冷藏温度控制在4-8摄氏度可保存约两周。注意避免与高水分蔬菜混放，防止冷凝水加速腐败。红椒比青椒更耐储存，带蒂辣椒保鲜期更长。
洗净擦干的辣椒可整根或切块平铺冷冻，装袋前确保表面无水分。冷冻辣椒可保存半年以上，但解冻后质地变软，适合炖煮类烹饪。建议分装小份量避免反复解冻，冷冻前去除籽瓤可减少冰晶对细胞壁的破坏。
日晒或烘干制成的干辣椒能保存一年以上。选择完整无伤的辣椒串挂通风处晾晒，或使用食物烘干机60摄氏度脱水8小时。干燥过程中定期翻动确保均匀脱水，完全干燥的辣椒应脆硬无韧性。密封避光保存可防止回潮霉变。
醋泡或盐渍能通过高酸高盐环境抑制微生物。将辣椒与蒜瓣、香料装入消毒容器，倒入煮沸的盐水或醋水溶液，确保完全浸没。冷藏腌制辣椒可保存三个月，开盖后需一周内食用完毕。注意使用陶瓷或玻璃容器，金属容器易发生化学反应。
使用真空机抽除包装袋内空气，配合冷藏可延长保鲜期至一个月。适合短期保存大量辣椒，真空状态能有效延缓氧化。操作时注意避免尖锐辣椒蒂刺破包装袋，密封前可垫入吸水纸吸收残余水分。
不同品种辣椒的保存效果存在差异，较厚的彩椒比薄皮小米椒更适合长期冷冻。无论采用何种方法，保存前都应剔除有伤痕或软腐的个体，处理过程中保持器具清洁。短期保存可选择冷藏维持口感，长期储存建议干燥或冷冻。定期检查储存辣椒状态，出现霉斑或异味应立即丢弃。搭配使用硅胶干燥剂能进一步提升防潮效果，但需避免直接接触食物。
