新鲜小米辣保存时间延长的关键在于控制湿度、温度和氧化，可采用冷冻、干燥、油浸、冷藏、真空五种方法。
新鲜小米辣水分含量高易腐败，冷冻能有效抑制微生物活动。洗净擦干后直接装入密封袋，排出空气后放入-18℃冷冻室，可保存6个月以上。使用时无需解冻，直接切碎烹饪能最大限度保留辣味和营养。注意冷冻前避免水渍残留，否则易结冰晶破坏细胞结构。
日晒或烘干去除水分是传统保存方式。将小米辣串挂通风处阴干，或使用食物烘干机50℃处理8小时，完全脱水后密封避光保存可达1年。干燥过程中维生素C会有损失，但辣椒素和矿物质保留完整。干燥辣椒使用前温水浸泡10分钟可恢复部分口感。
植物油形成隔绝氧气的保护层。小米辣洗净晾干后装入消毒玻璃瓶，倒入完全没过辣椒的橄榄油或菜籽油，添加少许食盐防腐。冷藏保存可维持3个月风味不流失。油浸辣椒可直接用于凉拌，油脂会溶解更多脂溶性营养物质。
短期保存适合完整无损的辣椒。用厨房纸包裹后装入透气保鲜袋，置于冰箱蔬果舱4℃环境，湿度保持85%左右。此法可保鲜2-3周，但需定期检查剔除软化个体。冷藏保存的小米辣维C损失率每天约5%，建议优先使用。
抽真空阻断氧化反应。处理干净的小米辣用真空机密封，冷藏保存期限延长至1个月，冷冻条件下可达8个月。工业级真空包装会充入氮气，家庭操作时可加入食品干燥剂增强效果。真空保存的辣椒颜色和质地变化最小。
日常保存可搭配多种方法组合使用，如部分冷冻备货配合少量冷藏现用。辣椒富含维生素A、C及钾元素，冷冻保存时营养流失率低于其他方式。干燥辣椒使用时搭配油脂烹饪有助于β-胡萝卜素吸收，油浸制品建议选择单不饱和脂肪酸含量高的橄榄油。无论采用何种保存方式，操作前都需剔除有损伤的个体，器具严格消毒避免交叉污染。定期检查储存状态，出现霉变立即整批废弃。合理保存的小米辣可全年用于提味增香，但胃肠敏感者应注意控制食用量。
