菊花茶保存时需密封防潮、避光低温，可有效防止生虫。主要方法有使用密封罐、冷藏保存、搭配干燥剂、定期检查、避免混放异味物品。
菊花茶易受潮吸味，建议存放于陶瓷或玻璃密封罐中。这类容器能隔绝空气和湿气，防止虫卵侵入。若使用塑料罐，需确保食品级材质且内壁干燥。开封后的菊花茶应尽快转移至密封容器，避免长时间暴露在空气中。
高温环境会加速菊花茶变质，可将茶叶分装成小份后放入冰箱冷藏层。冷藏前需用铝箔袋或真空袋密封，防止冷凝水渗入。每次取用后需立即重新密封，避免反复温差导致水汽凝结。此法适合南方潮湿地区长期保存。
在储存容器底部放置食品级干燥剂如硅胶颗粒，能持续吸收环境湿气。干燥剂与菊花茶之间需用透气纱布隔开，每月更换一次干燥剂。也可放入未剥皮的大蒜或花椒袋，其天然气味具有驱虫效果但不会影响茶味。
每月需检查菊花茶是否有受潮结块或虫蛀痕迹。受潮的茶叶会变软发黏，需立即晾晒或低温烘干。发现虫卵时可置于零下5度冷冻48小时灭活，筛除虫尸后重新密封保存。夏季湿度大时应增加检查频次。
菊花茶吸附性强，不可与香料、海鲜干货等气味浓烈的物品同柜存放。厨房、卫生间等潮湿区域不宜储茶。新购菊花茶建议先暴晒1-2小时杀菌驱虫，待冷却后再装入容器，可延长保存期限。
菊花茶保存期间需保持环境干燥通风，理想湿度控制在60%以下。日常取用建议使用干燥茶匙，避免手部水汽接触。若发现茶叶明显变色或霉变应立即丢弃，不可饮用。搭配枸杞、决明子等药材同储时，需分别密封后再合并存放。优质菊花茶在正确保存下可维持12个月以上品质，但建议半年内饮用完毕以保风味。
