柠檬可以直接切片泡水、榨汁或作为调味品使用，储存时可冷藏或冷冻延长保鲜期。柠檬的食用方式主要有鲜食、调味、腌制、烘焙、泡制，储存方法包括常温通风、冷藏保鲜、冷冻保存、干燥处理、真空密封。
新鲜柠檬切片后可直接食用，搭配蜂蜜或食盐可缓解酸涩感。果肉富含维生素C和柠檬酸，能促进消化液分泌，但胃酸过多者应控制摄入量。食用前需用盐水浸泡去除表面蜡质，果皮若用于烹饪需选用无农药残留的有机柠檬。
柠檬汁可替代醋用于凉拌菜或海鲜去腥，其酸性成分能分解蛋白质。在西餐中常与橄榄油调配成沙拉酱，中餐可加入红烧菜肴提鲜。制作泰式冬阴功汤时挤入柠檬汁能平衡辣味，注意高温烹煮会破坏部分维生素C。
柠檬切片后与冰糖分层密封腌制，可制作蜜渍柠檬用于泡茶。东南亚地区会将青柠与辣椒、鱼露制成蘸料，腌制过程产生的柠檬烯具有抗氧化作用。需使用无水无油的容器，发酵期间每日放气防止爆瓶。
柠檬皮屑可加入蛋糕或饼干提升香气，果胶成分能改善面团延展性。制作柠檬挞时需将果汁与鸡蛋液充分乳化，170℃烘烤可保留风味。糖霜中加入柠檬汁能中和甜腻感，但酸性环境会影响酵母活性，面包制作需减少添加量。
干柠檬片与玫瑰花、陈皮等搭配可制成花果茶，温水冲泡能析出类黄酮物质。烈酒浸泡柠檬片两周可自制利口酒，酒精能提取柠檬皮中的芳香油。建议选用40度以上蒸馏酒，密封避光保存风味更持久。
完整柠檬在阴凉通风处可保存2-3周，10-15℃环境最佳。堆放时保留果蒂并垫上软布，避免挤压损伤表皮。定期检查剔除霉变果实，与苹果同放会加速成熟。表面轻微失水不影响内部品质，但发芽的柠檬不宜食用。
用厨房纸包裹后装入保鲜袋冷藏，可延长保鲜期至1个月。切开的柠檬要用保鲜膜覆盖切口，防止氧化和串味。5℃环境下维生素C损失较少，但凝结水汽易导致霉变，建议每周更换包裹用纸。
柠檬切片平铺冷冻3小时后转密封袋，可储存半年以上。冷冻会破坏细胞结构导致解冻后软化，适合直接用于饮品或烹饪。整果冷冻需刺破表皮防止爆裂，-18℃环境下柠檬酸活性稳定。
60℃低温烘烤8小时制成柠檬干，或悬挂通风处自然风干。脱水后维生素C大量流失，但矿物质和芳香物质得以保留。干燥柠檬片需密封防潮，食用前温水浸泡可部分恢复口感，搭配红茶可增添柑橘香气。
抽真空包装能使柠檬在冷藏环境下保鲜2个月，适合商业批量储存。家用可用吸管抽空保鲜盒空气，或浸泡在橄榄油中隔绝氧气。该方法能最大限度保留风味物质，但开封后需尽快食用完毕。
日常食用柠檬建议控制在每日半个以内，过量摄入可能损伤牙釉质。胃溃疡患者应避免空腹饮用柠檬水，糖尿病患者需注意蜜渍柠檬的糖分。储存期间出现黑斑或酒味应立即丢弃，霉变果实会产生展青霉素等有害物质。搭配生姜或枸杞可中和寒性，冬季建议温热饮用增强暖身效果。
