绿豆芽保存时建议冷藏并用清水浸泡，可延长保鲜期至2-3天。保存方法主要有密封冷藏、避光存放、清水浸泡、避免挤压、及时食用五种。
将绿豆芽装入保鲜袋或密封盒中，排出多余空气后放入冰箱冷藏层。低温环境能抑制细菌繁殖，但需注意避免与气味强烈的食物混放，防止串味影响口感。冷藏温度建议控制在4摄氏度左右。
绿豆芽含叶绿素易发生光氧化，建议用不透光的容器或深色袋子包裹保存。光照会导致芽体变黄发苦，同时加速维生素C等营养物质的流失。若需透明容器存放，可覆盖厨房纸巾遮挡光线。
将绿豆芽根部朝下直立放入盛有清水的容器中，水位淹没根部1-2厘米即可。每日更换清水可保持芽体饱满，但需注意整株浸泡易导致腐烂，此法仅适合短期保存8-12小时。
绿豆芽细胞壁薄脆，受压后易出现褐变斑点。存放时应平铺放置或垂直摆放，堆叠高度不超过5厘米。运输过程中可用硬质容器保护，避免塑料袋直接捆扎造成机械损伤。
绿豆芽含水量达90%以上，保存超过3天易出现黏液变质。购买后应优先烹饪，若发现芽根发黑或散发异味须立即丢弃。夏季高温环境下建议当日食用完毕。
绿豆芽富含维生素B族和膳食纤维，建议清洗时保留淡黄色胚芽部分以保留营养。烹饪前用流水冲洗3遍可去除残留豆壳，焯水时间控制在20秒内保持脆嫩口感。凉拌时搭配胡萝卜丝、黑木耳等食材可提升营养价值，炒制时急火快炒避免营养流失。脾胃虚寒者应控制食用量，腹泻期间不宜生食。若需长期保存可将绿豆芽焯水后冷冻，但解冻后口感会变软。
