香菇清洗时先用流水冲洗表面泥沙，再用淡盐水浸泡10分钟，最后用软毛刷轻刷菌褶即可彻底清洁。
新鲜香菇表面常附着泥土和栽培基质，需在流动水下用手指轻轻搓洗菌盖和菌柄。注意水流不宜过急，避免破坏香菇表面保护膜。冲洗时可重点清洁菌柄底部木质化部分，此处易藏匿杂质。对于菌褶朝下的干香菇，需先用水快速淋湿表面，防止直接浸泡导致营养流失。
配制浓度约3%的淡盐水，将香菇完全浸没10-15分钟。盐分能促使菌褶中的虫卵或微小生物析出，同时帮助分解残留农药。浸泡时水温保持在30℃以下，高温会破坏香菇中的鸟苷酸等鲜味物质。体积较大的干香菇可适当延长浸泡时间至20分钟，但需避免使用金属容器以防氧化变色。
选用牙刷大小的软毛刷，沿菌褶纹路单向轻刷。特别注意菌盖与菌柄连接处的褶皱部位，此处易积聚沙粒。刷洗力度控制在能清除杂质又不损伤菌肉的程度，刷完后立即用清水漂净。对于表面有黏液的老化香菇，可蘸取少量面粉辅助吸附污物。
清洗完成的香菇需切除菌柄底部1厘米左右木质化部分。用陶瓷刀沿菌柄45度角斜切，既能完整保留可食用部分，又能去除接触培养基的污染风险。若发现菌柄内部有白色丝状物，说明已开始木质化，建议整根去除。
洗净的香菇应倒扣置于镂空容器中沥水2小时，或用厨房纸吸干表面水分。未立即使用的香菇可铺在垫有油纸的密封盒内，冷藏保存不超过3天。如需长期储存，可将香菇焯水后冷冻，但会损失部分呈味物质。
日常处理香菇时建议佩戴食品级手套，避免手部油脂影响香菇风味。清洗后的香菇不宜长时间暴露在空气中，氧化会导致菌肉变黑。烹饪前可用少量柠檬汁浸泡保持色泽，但会轻微改变口感。干香菇清洗后浸泡的水富含鲜味物质，过滤后可作高汤使用。注意野生香菇可能存在毒素风险，建议选择正规渠道购买的栽培品种。
