鲜柠檬最好采用冷藏保存或冷冻保存的方式延长保鲜期。保存方法主要有整果冷藏、切片冷冻、榨汁分装、盐渍处理、干燥保存等。
完整柠檬用厨房纸包裹后放入保鲜袋，置于冰箱冷藏室可保存2-3周。包裹纸巾能吸收表面水分防止霉变，保鲜袋可阻隔冰箱异味。冷藏温度保持在4-8摄氏度时，柠檬表皮油脂腺体不易破裂，能较好保留香气物质。注意避免与乙烯释放量大的水果混放，定期检查有无霉斑。
洗净的柠檬切成薄片平铺在油纸上，冷冻定型后装入密封袋，可保存3-6个月。冷冻会使细胞壁破裂导致解冻后质地变软，但酸味和维生素C保留率较高。适合用于泡水或烹饪调味，直接取用无须解冻。密封时尽量排出空气，避免反复冻融影响品质。
新鲜柠檬汁倒入冰格冷冻成块，转移至密封容器冷藏可存1个月。每块约15毫升方便取用，维生素C氧化速度比整果慢。添加少量食盐或蜂蜜可延缓褐变，但会改变风味。玻璃容器优于塑料容器，能减少异味吸附。解冻后的果汁适合调制饮品，不宜再冷冻。
柠檬切片与粗盐分层装入消毒罐中，室温腌制2周后转冷藏。高盐环境抑制微生物生长，可保存半年以上，但钠含量显著增加。盐渍柠檬风味浓郁，适合烹饪摩洛哥塔吉锅等菜肴。使用前需浸泡脱盐，高血压患者应控制食用量。
切薄片的柠檬用50摄氏度低温烘烤6-8小时，脱水后密封避光存放。干燥柠檬片可保存1年，但高温会导致维生素C大量流失。复水后适合泡茶或做甜点装饰，也可研磨成粉用作调味料。注意环境湿度需低于60%，定期检查有无受潮结块。
日常使用建议优先消耗表皮有损伤的柠檬，完整果实冷藏保存更能维持风味。冷冻保存的柠檬片取出后可直接泡水，冷饮制作时维生素C损失较少。盐渍柠檬使用前可冲洗表面盐粒，搭配鱼类烹饪能去腥提鲜。干燥柠檬片密封保存时要放置食品干燥剂，避免吸水霉变。无论采用哪种方式，都要确保容器洁净干燥，定期检查保存状态。
