整个鲜柠檬可以冷藏或冷冻保存，具体方法有常温通风存放、冰箱冷藏、切片冷冻、榨汁冷冻、制作柠檬干等。
完整未切开的柠檬在干燥通风环境下可保存一周左右。选择表皮无损伤的柠檬，置于阴凉处避免阳光直射。夏季高温潮湿环境会加速腐烂，建议改用其他保存方式。存放期间定期检查是否有霉变，出现软烂需立即丢弃。
用厨房纸包裹柠檬后放入保鲜袋，冷藏可保存2-3周。冷藏温度保持在4℃左右最佳，避免与其他气味强烈的食物接触。带蒂保存能延缓水分流失，若表皮出现皱缩仍可食用，但风味会有所下降。
将柠檬切成薄片平铺在油纸上冷冻，定型后装入密封袋冷冻保存可达3个月。冷冻会导致细胞破裂，解冻后适合泡水或烹饪使用。每片单独冷冻可避免粘连，使用时按需取用无须全部解冻。
榨取的柠檬汁倒入冰格冷冻成块，转移至密封容器保存。冷冻柠檬汁可保留大部分维生素C，六个月內风味稳定。适用于烘焙、调味或制作饮品，解冻时会有轻微沉淀属正常现象。
切片的柠檬用60℃低温烘烤6-8小时制成柠檬干，完全脱水后密封保存。干燥环境可存放半年以上，泡水时能缓慢释放风味物质。注意避免潮湿导致霉变，食用前观察是否有异常气味。
保存柠檬时优先选择完整无破损的果实，不同保存方式会影响营养成分和食用口感。冷藏适合短期保存鲜食，冷冻更适合长期储存烹饪用途。柠檬表皮蜡质层有保护作用，清洗会缩短保存时间，建议使用前再清洁。日常取用注意工具清洁，避免交叉污染导致腐败。根据实际用途选择合适保存方法，能最大限度保留柠檬的营养价值和风味特点。
