挑选好吃的南瓜可从外形、颜色、重量、声音、蒂部五个方面综合判断。
优质南瓜外形饱满匀称，无明显凹凸或畸形。瓜体呈规则的椭圆形或圆形，表面光滑无破损。避免选择有擦伤、虫蛀或霉斑的南瓜，这类南瓜可能内部已变质。老南瓜通常外形更敦实，瓜棱深且明显，糖分积累更充分。
成熟南瓜表皮颜色均匀深沉，常见品种中蜜本南瓜呈橙红色，板栗南瓜为深绿色带浅纹。颜色发青或分布不均的南瓜成熟度不足。贝贝南瓜等特殊品种应呈现特有的灰蓝色，若颜色偏黄则风味较淡。避免表皮有白霜或暗斑的南瓜。
同等体积下较重的南瓜说明果肉致密水分足。托起南瓜时应有沉甸感，过轻的可能因存放过久导致水分流失。蜜本南瓜单果重量在1.5-3公斤为宜，板栗南瓜以0.8-1.2公斤为佳。过大的南瓜可能纤维粗糙，过小的可能未充分成熟。
轻叩南瓜中部，成熟南瓜会发出沉闷的咚咚声，类似敲打实木的声响。若声音空洞发脆，可能果肉疏松或已脱水。测试时对比不同南瓜的声响差异，选择声音最沉闷的那个。注意避免表皮有软腐处的南瓜，这类敲击时会发出噗噗声。
新鲜南瓜的蒂部呈枯黄色且质地干燥，与瓜体连接紧密无霉变。蒂部湿润或发黑的可能采摘时受损易腐烂。蒂端凹陷较深的南瓜通常生长期更长。若蒂部已脱落，需检查凹陷处是否干净无霉斑，这类南瓜要尽快食用。
挑选后的南瓜建议存放在阴凉通风处，温度保持在10-15摄氏度可保存较长时间。烹饪前用软刷清洁表皮，带皮蒸煮能更好保留营养。南瓜富含胡萝卜素和膳食纤维，适合制作南瓜粥、南瓜饼等食物，但糖尿病患者需控制食用量。若发现瓜瓤有异味或发苦应立即停止食用。
