木耳清洗的关键在于充分泡发后去除褶皱中的杂质，可采用淀粉吸附法或流水冲洗法。
干木耳用冷水浸泡两小时至完全舒展，加入一勺食用淀粉轻轻揉搓。淀粉颗粒具有吸附作用，能有效带走木耳褶皱中的泥沙和木屑。揉搓后用清水漂洗三遍，注意观察水质直至清澈。此方法适合处理杂质较多的野生木耳，清洗后需检查菌盖边缘是否有残留硬蒂。
急用时可用30℃温水加速泡发，水中加少量食盐帮助杀菌。泡发过程中换水两次，每次轻轻搅动使沉淀物析出。重点冲洗菌褶部位，可用软毛牙刷辅助清洁。该方法需注意水温不超过40℃，避免破坏木耳中的多糖成分。
将泡发的木耳置于漏盆中，用流动清水持续冲洗五分钟。水流压力能冲走大部分附着物，特别适合处理人工栽培的厚肉木耳。冲洗时用手轻轻翻动菌片，重点处理菌柄连接处的凹槽。此方法耗水量较大但操作简便，清洗后需控干水分再烹调。
蒸锅上汽后放入泡发的木耳蒸三分钟，高温蒸汽能使菌褶展开便于清洁。蒸制后立即过冷水，此时杂质更易脱落。该方法尤其适合后续要做凉拌的木耳，既能杀菌又能提升口感弹性。注意蒸制时间不宜过长，避免营养流失。
所有清洗步骤完成后需进行人工筛选，对着光源检查每片木耳。发现残留杂质可用牙签剔除，变质的木耳表现为发黏或异味应丢弃。清洗好的木耳若暂时不用，可浸泡在冷藏的纯净水中保存两天。
优质木耳应选择朵形完整、肉质厚实的品种，清洗时避免使用洗涤剂破坏天然胶质。建议烹调前用沸水焯烫十秒进一步杀菌，凉拌菜中可加蒜末帮助消毒。日常储存干木耳需保持干燥通风，潮湿环境易滋生霉菌。定期检查家中存货，过期木耳可能产生米酵菌酸等有害物质。
