新鲜柠檬在常温下可保存1-2周，冷藏可延长至3-4周，具体时间受储存方式、成熟度和环境湿度影响。
常温存放时柠檬易失水皱缩，建议置于阴凉通风处；冷藏保存需用保鲜膜包裹或放入密封袋，避免吸收冰箱异味。切开的柠檬需用保鲜膜覆盖切面冷藏，2-3天内用完。
青柠比黄柠更耐储存，未完全成熟的柠檬表皮更厚实。购买时可选择硬度高、表皮无损伤的果实，成熟度高的柠檬需优先食用。
湿度过高易导致霉变，湿度过低会加速脱水。南方潮湿地区建议冷藏保存，北方干燥环境可用湿纸巾包裹柠檬根部延缓失水。
表面出现黑斑、白霉或明显软化需丢弃；轻微干瘪可切片泡水，但营养已流失。冷冻保存的柠檬片可存放3个月，适合用于饮品调味。
制成柠檬干需切片后60℃低温烘干；腌渍保存可用蜂蜜或盐糖混合液浸泡。整颗柠檬真空密封冷藏可保鲜1个月以上。
日常食用建议搭配温水饮用避免刺激胃黏膜，运动后补充柠檬水需稀释至1：10比例。储存期间定期检查果实状态，霉变的柠檬可能产生展青霉素等毒素，不可食用。柠檬皮中的柠檬烯具有抗氧化作用，可洗净后切丝用于烘焙或泡茶，充分利用营养价值。
