公核桃与母核桃的主要区别在于果实形态、营养价值及用途。公核桃通常指未授粉或发育不良的果实，壳厚仁小；母核桃则为正常发育果实，壳薄仁饱满。两者差异主要体现在果仁占比、油脂含量、口感风味三个方面。
母核桃果仁占比可达60%以上，剥壳后可见完整饱满的核桃仁，呈脑回状分瓣明显。公核桃因发育受限，果仁占比不足40%，常出现干瘪、碎裂或空壳现象，部分果实内部仅存隔膜。选购时摇晃听声，母核桃仁实心无声响，公核桃因空隙大会发出碰撞声。
母核桃含油量高达65%-70%，不饱和脂肪酸占比超90%，尤其富含α-亚麻酸。公核桃因发育不全，油脂含量下降30%-40%，脂肪酸氧化速度更快，开壳后易出现哈喇味。通过观察仁衣颜色可辅助判断，母核桃仁衣呈浅琥珀色，公核桃仁衣颜色更深且易脱落。
母核桃仁质地酥脆，入口有浓郁奶油香气，后味回甘。公核桃仁纤维感明显，咀嚼时有木质渣感，部分带有苦涩味。烘焙时母核桃出油均匀，适合制作核桃酥等点心；公核桃更适合榨油或作为饲料原料。
同一核桃树上会同时结公母果，母果多着生于阳光充足的外围枝条，公果集中在荫蔽处。气候异常会导致公果率上升，如花期遇连续阴雨会降低授粉成功率。优质品种如纸皮核桃母果率可达85%以上，老树公果比例会显著增加。
母核桃仁补肾健脑功效更显著，其褪黑素含量是公核桃的2-3倍，对改善睡眠有益。公核桃外壳更厚实，传统医学认为其硬壳煮水可辅助治疗皮炎。两者均含核桃醌等活性成分，但母核桃的生物利用度更高。
日常食用建议优先选择母核桃，每日摄入量控制在20-30克为宜。可搭配黑芝麻、枸杞等食材增强补益效果，核桃仁表面的褐色薄衣含多酚类物质，食用时不必去除。储存时需密封避光，夏季建议冷藏防止油脂酸败。阴虚火旺体质者应控制摄入量，避免与浓茶同食影响铁质吸收。核桃作为坚果类食品，需注意可能存在的过敏风险。
