银杏果一般需要经过剥壳、去膜、去芯、彻底加热等处理才能吃，处理不当可能引起中毒。银杏果又称白果，含有银杏酸、银杏毒素等成分，生食或过量食用容易出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻等不适。
银杏果外层有较硬的种壳，处理时可以先将其放在阴凉处晾置一段时间，待外壳略微干缩后用工具轻轻敲裂，再剥去硬壳。敲击时力度不宜过大，避免果仁碎裂后难以进一步处理。剥壳后应检查果仁是否完整、有无霉变或虫蛀，发黑、发黏、有异味的果仁建议直接丢弃。剥壳过程建议戴上手套，因为银杏果外皮汁液接触皮肤后，部分人可能出现瘙痒、红肿等过敏反应，若手部已有伤口更应避免直接接触。
剥去硬壳后，果仁表面还包着一层薄薄的褐色或淡黄色内膜，这层膜口感发涩，也需要去除。可将果仁放入温水中浸泡片刻，待内膜变软后用手轻轻搓掉，也可以用开水快速焯烫后再撕除。浸泡时间不宜过长，以免果仁吸水过多变得松散。去膜后的果仁颜色应呈淡黄或黄绿色，若发现果仁颜色发暗、发绿明显或质地异常，建议不要继续食用，以免摄入较多有害成分。
银杏果的胚芽也就是果芯，是毒性成分相对集中的部位，处理时建议用牙签或小刀从果仁一端挑出绿色的芯芽。去芯这一步对降低食用风险较为关键，尤其是给儿童食用时更应彻底去除。去芯后果仁可以整颗使用，也可以对半切开再检查一遍是否残留绿芯。若果仁较小、芯芽不易挑出，可将果仁切开后剔除。处理好的果仁若暂时不烹饪，可浸泡在清水中短时间保存，但不宜久放，以免变质。
银杏果不能生吃，必须经过彻底加热后再食用。常见的做法包括水煮、蒸制、炖汤、炒制等，加热时间应足够让果仁熟透，果仁由硬变软、颜色均匀即可。水煮时可先将果仁冷水下锅，煮沸后再继续煮一段时间；炖汤时可将处理好的果仁与其他食材一同炖煮。加热虽然能降低部分毒性成分，但并不能完全消除风险，因此仍要控制食用量，不建议一次性大量食用，儿童、孕妇、哺乳期女性以及消化功能较弱的人群更应谨慎。
即使经过规范处理，银杏果也不宜多吃。成年人每次食用量建议控制在少量范围内，儿童应更少，年龄较小的儿童不建议食用。食用后若出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻、头晕、乏力等表现，应停止食用并尽快就医。银杏果也不建议与辛辣刺激食物大量同食，以免加重胃肠负担。日常储存时应放在干燥、通风、儿童不易拿到的地方，避免误食生果。若将银杏果用于煮粥、炖肉、煲汤等，也应先完成剥壳、去膜、去芯和彻底加热等步骤。
日常饮食中，银杏果更适合作为少量搭配食材，不建议把它当作零食连续大量食用。食用前后可适当多吃新鲜蔬菜水果、保证充足饮水，帮助维持正常消化功能。若本身有胃肠疾病、过敏体质或正在服用其他药物，食用前建议咨询医生或营养专业人员。家庭处理银杏果时，建议现处理现烹饪，剩余果仁应冷藏保存并尽快食用，发现变质就不要再吃。出现不适时不要自行催吐或随意用药，应尽早到医院就诊。
