木耳泡发后一般不建议直接生吃，需彻底煮熟后食用。新鲜木耳含有卟啉类光敏物质，泡发不当可能滋生细菌或产生毒素，正确处理方法为冷水泡发后沸水煮制。
木耳属于菌藻类食物，泡发过程中会吸收大量水分膨胀。市售干木耳经过脱水处理，质地坚硬需复水软化，但单纯泡发无法破坏其中可能存在的微生物污染。实验显示冷水泡发超过两小时可能滋生椰毒假单胞菌，该菌产生的米酵菌酸耐高温且毒性强。泡发后的木耳表面粘滑物质含多糖成分，直接食用可能刺激胃肠黏膜。
特殊情况下如采用高温烘干灭菌工艺的即食木耳产品，包装标明可直接食用的可免煮制。但家庭自制泡发木耳须经过100度以上高温处理，建议焯水后凉拌或炖煮。凉拌前应沸水焯烫至少3分钟，炒制时需确保中心温度达标。泡发时间控制在4小时内，夏季需冷藏泡发避免变质。
日常食用木耳应注意选择正规渠道产品，泡发容器保持清洁，避免使用金属器皿。木耳富含膳食纤维和铁元素，熟制后更利于营养吸收。每周摄入量建议不超过三次，胃肠功能较弱者应减少食用量。出现腹痛腹泻等不适症状应立即停食并就医，避免因不当食用引发食品安全问题。
