成熟的菠萝蜜在室温下通常能存放1-2天，冷藏可保存3-5天。实际保存时间受储存温度、果实完整度、成熟度、湿度及通风条件等因素影响。
菠萝蜜成熟后若表皮完整无破损，室温通风处可短暂存放1-2天，高温环境会加速发酵变质。此时果肉甜度达到峰值，但需尽快食用以避免过熟产生酒味。切开后的果肉需用保鲜膜包裹冷藏，接触空气易氧化发黑，冷藏保存可延缓变质，建议3天内食用完毕。
若发现果皮出现黑斑或渗液，果肉散发酸腐味，表明已变质不宜食用。未切开的完整菠萝蜜用报纸包裹后放入冰箱蔬果室，低温能抑制酶活性，延长保鲜期至5天左右。冷冻保存会改变果肉质地，适合用于制作甜品，可保存1个月但口感偏软烂。
储存菠萝蜜时避免与苹果、香蕉等乙烯释放量高的水果同放，会加速腐败。建议根据食用计划分批处理，切开后尽快食用以保留最佳风味。若需长期保存，可将果肉分装冷冻，用于制作奶昔或果酱，但解冻后不宜直接鲜食。
