挑选新鲜苦瓜主要看外观、触感、气味等特征，新鲜苦瓜通常颜色翠绿、表面瘤状突起饱满、质地硬挺无异味。
新鲜苦瓜表皮呈均匀的翠绿色或浅绿色，颜色鲜亮有光泽。若出现大面积发黄或发白，说明存放时间较长。表面有黑斑或褐色斑点的苦瓜可能已开始腐烂，不宜选购。墨绿色老苦瓜苦味更浓，适合炖汤；嫩绿色苦瓜苦味较淡，适合清炒。
优质苦瓜表面瘤状突起饱满密集，触摸时有明显的颗粒感。按压果实时有弹性，不会留下明显凹痕。若表面皱缩、瘤状物扁平，说明水分流失。表皮破损或渗液的苦瓜容易滋生细菌，应当避免选择。
同等大小的苦瓜，手感越沉说明水分越充足。轻飘飘的苦瓜可能因存放过久导致脱水。可将两根相似大小的苦瓜放在手心对比，选择相对更重的那根。但要注意过重的苦瓜可能籽粒过老，适合取肉挖籽烹饪。
新鲜苦瓜多呈笔直的纺锤形，两端尖细中间饱满。弯曲变形可能是生长过程中受压导致。横切面观察时，果肉应呈嫩白色，籽粒排列整齐。若籽粒发黑或果肉变色，表明新鲜度下降。过粗的苦瓜可能纤维粗糙，适合炖煮而非清炒。
新鲜苦瓜带有清淡的草本香气，无异味或酸腐味。若闻到发酵味或霉味，说明已变质。部分品种表面有白色果粉是正常现象，但伴有刺鼻气味的要谨慎购买。冷藏保存的苦瓜若出现水渍味，可能已发生冻伤。
苦瓜富含苦瓜苷、维生素C和膳食纤维，挑选时还可注意季节差异。夏季露天种植的苦瓜风味更浓郁，冬季大棚苦瓜口感较嫩。储存时可包裹厨房纸放入冰箱冷藏格，避免与其他蔬果挤压。烹饪前用盐水浸泡可减轻苦味，脾胃虚寒者建议搭配姜蒜烹调。若发现苦瓜内部发红或味道异常，应立即停止食用。
