葡萄干在密封干燥环境下可保存6-12个月，若出现霉变、异味或结块则不能食用。葡萄干的保质期主要受储存条件、包装方式、环境湿度、加工工艺和是否添加防腐剂等因素影响。
未开封的葡萄干在阴凉干燥处可保存较长时间，开封后建议冷藏并尽快食用。高温高湿环境会加速糖分析出和微生物繁殖，导致葡萄干表面发黏或变色。使用密封罐或真空包装能有效隔绝空气和水分，延长保存期限。
真空包装的葡萄干因隔绝氧气可保存12个月以上，普通塑料袋包装建议6个月内食用完毕。散装葡萄干因接触空气较多，容易吸收环境水分而变质，购买后应转移至密封容器存放。
相对湿度超过65%时葡萄干易吸潮霉变，南方潮湿地区建议配合干燥剂保存。若发现葡萄干相互粘连或表面出现白色粉状物，可能已滋生霉菌，即使高温蒸煮也无法去除毒素。
经过巴氏杀菌处理的葡萄干保质期更长，自然晾晒的需更注意防潮。部分厂家会添加少量山梨酸钾等防腐剂，这类产品保存时间相对延长，但开封后仍需注意密封。
变质的葡萄干会出现明显酒味、酸味或哈喇味，质地从韧软变为干硬或粘腻。颜色从琥珀色转为深褐或出现白霜，这类葡萄干可能已产生展青霉素等有害物质，必须丢弃处理。
建议每次取用葡萄干后立即密封，避免用手直接抓取。可将葡萄干分装成小份冷冻保存，食用前室温回软即可。搭配燕麦、酸奶食用时注意控制单次用量，糖尿病患者每日摄入不宜超过20克。若发现葡萄干与包装袋内壁出现水珠，说明已受潮，建议烘烤干燥后尽快食用完毕。
