小黄鱼通常需要清理内脏，尤其是腹部。小黄鱼的内脏可能含有泥沙、消化残留物或苦胆，清理后能提升食用口感和安全性。处理时需注意保留鱼鳔等可食用部分，避免破坏鱼肉完整性。
小黄鱼腹部清理是烹饪前的常规步骤。鱼内脏中可能存在寄生虫或细菌，高温烹饪虽能杀菌，但提前去除可降低风险。鱼胆位于腹部靠近肝脏位置，不慎弄破会导致苦味污染鱼肉。用剪刀从肛门处剪开至鳃部，轻柔取出内脏团，避免挤压胆囊。鱼鳔可保留食用，富含胶原蛋白。腹腔内壁的黑膜需刮净，能减少腥味。
特殊情况下小型黄鱼可整条烹饪。部分地方特色做法如酒糟黄鱼会保留内脏发酵，需确保食材新鲜度极高。酥炸小黄鱼若高温快炸可带内脏，但可能影响消化吸收。腌制晾晒的黄鱼鲞通常剖腹处理，便于盐分渗透。即食包装小黄鱼经工业化加工，已进行专业清洁处理。
处理小黄鱼时建议使用专用厨房剪刀，保持操作台面清洁。新鲜小黄鱼眼球清澈、鳃部鲜红，腹部无异常膨胀。清理后可用盐水浸泡十分钟去腥，烹饪前擦干水分防止油爆。清蒸做法建议搭配姜片和葱段，油炸时可拍薄淀粉保持外酥里嫩。每周食用海鱼不超过三次，痛风患者需控制摄入量。
