干木耳在密封避光保存条件下通常可存放1-2年，实际保质期受储存环境、包装方式、湿度控制等因素影响。
干木耳对光照和温度敏感，理想储存温度应低于20摄氏度。厨房橱柜等阴凉处适合短期存放，长期保存建议放置于冰箱冷藏室。高温环境会加速木耳中多糖类物质降解，导致营养流失和风味下降。
真空包装的干木耳保质期可达24个月以上，普通塑料袋包装建议在12个月内食用完毕。开封后的木耳需转移至密封罐中，并放入食品干燥剂。接触空气后易受潮霉变，出现结块或异味应立即丢弃。
相对湿度超过60%时，干木耳易滋生黄曲霉菌等有害微生物。南方潮湿地区建议搭配除湿剂保存，北方干燥环境可适当延长储存时间。泡发后的木耳需冷藏并在24小时内食用，不可重复冷冻解冻。
厚度适中的优质秋耳比薄片木耳更耐储存，野生木耳纤维素含量高，保存期限优于人工栽培品种。选购时注意选择无虫蛀、无硫磺熏蒸痕迹的产品，劣质原料即使未过期也可能产生毒素。
过期木耳会出现明显变色、霉斑或酸败气味，泡发后质地绵软失去弹性。即使未到标注保质期，若发现子实体碎裂严重或浸泡水异常浑浊，应停止食用。部分营养流失的木耳虽可食用，但风味和口感会大幅下降。
建议定期检查库存木耳状态，优先食用早期购买的产品。泡发时使用冷水可最大限度保留胶质，搭配姜蒜等杀菌食材更安全。特殊体质人群食用前应充分煮沸，出现腹痛腹泻等不适需立即就医。日常保存可搭配硅胶干燥剂或食品脱氧剂，避免与海鲜等易致敏食材混放。
